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Les seize personnalités de la résistance polonaise, comprenant des militaires et des civils, comparaissent à Moscou pour avoir "fomenté des plans visant à une action militaire contre l'URSS", après leur arrestation par le NKVD. En dépit de la clémence douteuse de la cour, deux seulement étaient encore en vie six ans après. Le procès des seize (dit également procès de Moscou) fut le procès politique des chefs militaires de la Résistance polonaise à Moscou en Union soviétique (18-21 juin 1945).
La conférence de Yalta a entériné l'annexion des territoires de l'est de la Pologne par l'Union Soviétique et la domination des communistes polonais. Cette décision a été, sans surprise, refusée par le gouvernement polonais en exil - seul interlocuteur des Alliés occidentaux depuis 1939 - trahi par cette décision de même que le sont toutes les organisations militaires et de résistance en Pologne et à l'étranger. Cette décision ouvre la porte aux persécutions de la résistance sur le territoire polonais considéré dès lors comme soviétique. Le gouvernement clandestin en Pologne, mis au pied du mur, accepte les accords de Yalta avec l'espoir qu'un processus politique permette de sauvegarder quelques unes des institutions démocratiques de la Pologne.
Des pourparlers avec les soviétiques commencent pour éviter les arrestations par l'Armée Rouge des partisans et combattants de l'Armia Krajowa (AK) opérant sur les territoires est de la Pologne à savoir Lwow, Wilno, et Lublin. Des contacts sont établis via les officiers polonais de l'Armée populaire polonaise (qui combattent avec l'Armée rouge). Le premier qui accepte le dialogue est le général Leopold Okulicki (pseudonyme "Ourson"), le dernier chef de l'Armée d'intérieur (AK), mais les autres dirigeants clandestins sont beaucoup plus méfiants. Les gouvernements britannique et américain insistent aussi pour que des contacts soient établis avec les armées soviétiques qui avancent rapidement sur le territoire de la Pologne. Cela convainc finalement le vice-premier ministre du gouvernement clandestin Jan-Stanisław Jankowski. La délégation polonaise est élargie aux représentants de toutes les tendances politiques, néanmoins les Polonais exigent comme préalable la libération de tous les soldats et officiers de l'AK emprisonnés par les Soviétiques. Le 28 mars 1945, un rendez-vous est fixé avec le général de NKVD Ivan Sierov à Pruszków près de Varsovie.
La délégation polonaise comporte seize personnes : le vice-premier ministre du gouvernement polonais en exil, le commandant de l'Armia Krajowa, le président du Conseil de l'Unité nationale, les représentants du Parti socialiste polonais, du Parti Nationale, de l'Union travailliste, du Parti populaire et de l'Union démocratique. Ils sont tous arrêtés par le NKVD et envoyés par avion à Moscou. Suite à ces arrestations, le gouvernement polonais en exil, la Grande-Bretagne et les États-Unis protestent auprès de l'Union des républiques socialistes soviétiques, mais ils sont informés qu'il s'agit d'une histoire inventée par les Polonais. Ce n'est que le 5 mai que les Soviétiques annoncent l'arrestation des 16 pour des actions de diversion derrière leur front.
Durant trois mois, les dirigeants polonais sont emprisonnés à la Loubianka, interrogés et « préparés » au procès public. Dans les procès politiques de ce type, il s'agit en effet d'obtenir les aveux le plus vite possible. Le procès commence le 18 juin selon le modèle classique stalinien. Le général Vassili Oulrikh (ou Ulrich, un juge habitué des procès politiques des années 1936-38) préside ; parmi d'autres acteurs on trouve aussi le général Afanassiev (procureur général militaire de l'Union soviétique) et Roman Roudenko, futur représentant soviétique au procès de Nuremberg. L'acte d'accusation porte sur le combat contre l'Armée rouge.
Les juges ont par ailleurs affirmé l'illégalité de l'Armia Krajowa, du Conseil de l'Union nationale, du gouvernement polonais en exil et de ses représentants en Pologne. Selon un scénario rodé, on fait venir à la barre les soldats de l'AK, capturés plusieurs mois auparavant et déjà détruits par les tortures, qui récitent leurs témoignages à charge contre l'Armée de l'intérieur et sa collaboration avec les Allemands. Le procureur, le général Afanassiev, accuse les prévenus d'« action criminelle et réactionnaire contre l'Union soviétique et contre les intérêts de la Pologne » ainsi que d'alliance « objective » avec les nazis. Après trois jours du procès les sentences sont prononcées :
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