Il n'était pas vraiment aimé par ses hommes, notamment parce qu'il empochait une grande partie des profits de ses soldats. Ceux qui refusaient de payer étaient assassinés, et d'ailleurs, dès qu'un soldat n'était pas d'accord avec Profaci sur quoi que ce soit, il était mort peu après. Joe Profaci vivait luxueusement et était un des parrains les plus riches de la Cosa Nostra. Sa demeure s'élevait sur une colline couvrant des milliers d'hectares. Il possédait son propre parcours de golf et son propre aéroport privé. Profaci investissait ses profits illégaux dans de nombreuses affaires légitimes, comme l'importation d'huile d'olive, ce qui lui vaudra le surnom du « Roi de l'Huile d'olive ». Cependant, la plus grande partie de sa richesse provenait de ses affaires typiquement mafieuses, tels que divers racket, l'usure ou encore les jeux clandestins. Profaci était un pieux et fervent catholique, et donnait d'immenses donations à des œuvres de charité catholiques.
Il fit également construire un autel en marbre de Carrare pour l'église Sainte-Bernadette de Brooklyn. Profaci failli même recevoir la reconnaissance papale. Ce rêve de Profaci était sur le point de se réaliser lorsqu'un juge du district de Brooklyn, Miles McDonald, adressa une lettre au Vatican déclarant que Joseph Profaci était un gangster, un assassin, un escroc et un parrain de la Mafia. Profaci n'avait pas le moindre esprit chrétien, et il le démontra à la suite d'un événement survenu un jour de janvier. Une nuit, un voleur entra dans l'église Sainte-Bernadette et vola les bijoux d'une statue de la Vierge Marie, se trouvant au centre de l'église. Profaci considéra cela comme une insulte à dieu, et également comme une insulte à lui-même. Profaci donna l'ordre à ses hommes de capturer au plus vite le malfaiteur vivant, afin qu'il puisse rendre les bijoux qu'il avait volés. Le voleur, qui apprit que Profaci le cherchait, décida de revenir à l'église et de rendre une partie des bijoux volés.
La couronne fut remise sur la tête de la Madone, mais pas le médaillon central. Par ce manque de respect, il venait de déclencher sa mise à mort. Le voleur réapparut quelques jours plus tard, étranglé avec un chapelet, dans une ruelle proche de l'église. La Famille Profaci fut frappée par une guerre interne de 1960 à 1962. Les trois frères Gallo ; Joe Gallo, Larry et Albert, essayèrent de s'emparer du pouvoir avec l'aide d'autres membres de la Famille Profaci, lassés de l'autoritarisme de Profaci. Parmi eux, il y avait Carmine "The Snake" Persico (qui est aujourd'hui à la tète de la Famille) et Joe "Jelly" Gioelli. Profaci fut mis au courant de cette prise de pouvoir et ordonna l'assassinat de Joe Gioelli. Ce samedi-là, Gioelli était parti à la pêche, une de ses passions.
Il ne revint jamais de son excursion. La seule preuve, trouvée à des centaines de kilomètres de l'endroit où il avait disparu, fut son manteau, dans lequel était enveloppé un poisson. Le vêtement fut retrouvé dans le coffre arrière de sa voiture, stationnée à proximité du bar des frères Gallo, à Brooklyn. Profaci envoya son garde du corps John Scimone afin de prendre contact avec Larry Gallo et le convaincre que cette guerre était perdue d'avance. Ils se réunirent le soir même dans un restaurant nommé le Sahara Lounge. Le plus jeune des frères Gallo était déjà à une table au fond du restaurant vide lorsque arriva John Scimone. Au cours des négociations, une véritable fortune fut offerte à Larry Gallo de la part de Profaci, en échange de la paix.
Mais Larry n'accepta aucun dollar de la part de Profaci. Après le refus de Larry, Scimone se leva pour allez au toilettes. Lorsque que le garde du corps disparu par une porte du fond, Larry Gallo sentit un câble d'acier lui serrer le coup. Dans son dos, une voix connu lui déclara « Tu vas mourir. » L'assassin était Carmine Persico, qui avait décidé de changer de bande. Curieusement, c'est Larry Gallo qui lui avait apprit cette méthode d'assassinat, connue sous le nom de « cravate sicilienne ». « Maintenant, appelles tes frères », dit Persico tout en continuant à serrer le câble autour du cou de Larry, qui entre-temps avait uriné et déféqué dans son pantalon. Persico traîna Larry Gallo derrière le comptoir pour lui donner le coup de grâce lorsqu'un agent de police qui faisait sa ronde décida d'entrer dans le bar pour parler avec le barman.
Voyant l'uniforme bleu et la plaque dorée briller à l'entrée, Persico et Scimone s'enfuirent par la porte de derrière, poursuivis par l'agent qui leurs criait halte. Avant d'atteindre la porte, Persico se retourna et tira dans le visage du policier, qui s'écroula peu après dans une mare de sang. Le sergent qui attendait dans la voiture de patrouille se précipita à l'intérieur du bar et découvrit Gallo derrière le comptoir. « Qui êtes-vous ? Qui sont ces gens ? » lui demanda l'agent -Je ne vous le dirait jamais » répondit en hoquetant Larry Gallo, agonisant. Exactement une heure après cet événement, un ami de Joe Gallo fut assassiné dans les environs de l'aéroport d'Idlewild, dans le Queens. Joe Gallo décida alors de rassembler toutes ses forces, trente hommes au total, dans les entrepôts 49 et 51 du quai de Brooklyn. Matelas, cuisinière de camping, boîtes de viande et de tomates, sacs de farines et paquets de pâtes étaient entassés dans un coin pour tenir le coup pendant la guerre contre les soldats de Profaci. Mais un événement arriva peu avant que n'ait lieu la grande bataille entre Joe Gallo et Joseph Profaci.
Joe Gallo fut arrêté et la guerre s'arrêtta. Quelques mois plus tard, Joseph Profaci fut atteint d'un cancer et sa santé se détériora très rapidement. Joe Profaci, l'un des parrain les plus detestés mais les plus riches de la Cosa Nostra américaine décède le 7 juin 1962 à l'age de 64ans. Joseph Magliocco, sous-chef et beau-frère de Joe Profaci, allait assumer le pouvoir de la Famille Profaci pendant un temps assez bref. Les frères Gallo ne l'accepteraient jamais comme boss, et encore moins les anciens soldats de Profaci, à présent dirigés par Carmine Persico. Les batailles continuèrent dans les rues de Brooklyn, faisant des victimes tant du côté de Magliocco que du côté des Gallo.
Face à ces perspectives, la Commission de la Cosa Nostra décida de ne pas appuyer la nomination de Magliocco en tant que chef de la Famille Profaci. Finalement, Magliocco décida de demander son aide à Joe Bonanno, chef de la puissante Famille Bonanno, afin qu'il essaye de convaincre la Commission de faire de Magliocco un chef de la Cosa Nostra. En échange, Bonanno exigea une partie des intérêts qu'avaient les Profaci sur les quais de Brooklyn (racket, extorsions de fonds, pillage de marchandises, etc.) Magliocco accepta le marché Ce que la Commission ne savait pas, c'est que l'ambitieux Joe Bonanno préparait un grand complot au niveau national, en vue de prendre le pouvoir suprême de la Cosa Nostra.
Son rêve était d'être élu Capo di tutti capi, même si pour cela il devait supprimer tous les chefs de la Mafia italo-américaine. Bonanno, une fois Capo di tutti capi, avait pensé offrir à Magliocco une bonne partie des affaires de la Famille Lucchese et de la Famille Gambino. La Commission apprit le plan complètement fou de Bonanno par Joe Colombo, un membre des Profaci. Les principaux chefs de la Cosa Nostra appelèrent Magliocco et Bonanno afin qu'il répondent aux questions de la Commission. Seul Magliocco se rendit à la réunion. Malade du cœur et prit de panique, Magliocco avoua que Joe Bonanno l'avait convaincu de l'aider à obtenir le poste de chef de la Commission. Lors de la délibération finale, il fut décidé d'imposer à Magliocco une amende de 50 000 dollars et l'obligation d'abandonner pour toujours le titre de chef de la Famille Profaci. A la fin du mois de décembre 1963, Joseph Magliocco tomba mystérieusement malade et mourut. Sam DeCavalcante, à l'époque chef de la Famille DeCavalcante du New Jersey, fut enregistré lors d'une conversation par le FBI à l'aide d'un micro caché dans son bureau.
Il déclarait que Joe Bonanno, indigné par les aveux de Magliocco devant les membres de la Commission, avait personnellement décidé de mettre une pilule de poison dans la bouche de Magliocco, ce qui aurait provoqué une foudroyante crise cardiaque mettant fin à ses jours. En 1964, Bonanno et son avocat furent enlevés par un tueur de sa propre Famille, Mike Zaffarino. Bonanno a été retenu pendant 19 jours, après quoi il a accepté de se retirer. La Commission accorda le poste de chef des Profaci à Joe Colombo, en remerciement de les avoir avertit du plan de Joe Bonanno. C'est ainsi que la Famille Profaci devint la Famille Colombo.